Durch seinen Vater Leopold, der als Vizekapellmeister beim Salzburger Fürsterzbischof wirkte, war W.A. Mozart schon früh mit der Salzburger Kirchenmusik in Berührung gekommen. Gerne hätte der Vater ihn wohl als seinen Nachfolger gesehen. Der Sohn trat anfangs in die vorbestimmten Fußstapfen und wurde 1769 (!) unbesoldeter und 1772 besoldeter Konzertmeister der Salzburger Hofkapelle. Unter Erzbischof Colloredo kam es aber zu Spannungen. Ausschlaggebend war die aufwändige Reisetätigkeit Mozarts, die mit dem Dienst als Kirchenmusiker nicht vereinbar war. 1777 erfolgte schließlich die Kündigung. Da sich in der Folge aber keine Anstellungen für Mozart ergeben wollten, kehrte er nach der bereits geschilderten Auslandsreise 1779 in den Dienst des Bischofs zurück. Nach weiteren Unstimmigkeiten kam es 1781 aber zum endgültigen Bruch. Mozart verließ Salzburg und ging nach Wien.
Verschiedene Persönlichkeiten haben des Umfeld Mozarts während seiner Zeit als Salzburger Kirchenmusiker geprägt. Dazu gehört der 1729 im bayerischen Inzell geborene Anton Adlgasser. Adlgasser rückte unter Fürsterzbischof Sigismund von Schrattenbach zum Salzburger Hof- und Domorganisten auf. Trauzeuge des dreimal verheirateten Adlgasser war Leopold Mozart. Nachfolger Adlgassers, der während eines Vespergottesdienstes im Dezember 1777 plötzlich verstarb, wurde der junge W. A. Mozart.
Sigismund Ritter von Neukomm (1778-1858) war ein in Salzburg geborener Komponist, Organist und Pianist. Der Schüler von Michael und Joseph Haydn unterrichtete später in Wien W.A. Mozarts Söhne Franz Xaver und Carl Thomas. Neukomm war ein umtriebiger Musiker mit Kontakten nach St. Petersburg, Rio de Janeiro und Paris, wo er Repräsentationsmusik für den königlichen Hof Ludwig des XVIII komponierte.
Michael Haydn (1737-1806) war der jüngere Bruder Joseph Haydns. Als Kirchenmusiker und Lehrer wirkte er im Raum Salzburg und Bayern. 1763 wurde Michael Haydn von Sigismund von Schrattenbach als „Hofcompositeur und Concertmeister“ von Wien nach Salzburg berufen. 1782 folgte Haydn W.A. Mozart als Organist der Salzburger Dreifaltigkeitskirche nach.
Mozart nahm die Musik seiner Kollegen bestimmt, ging aber in seinem eigenen kirchenmusikalischen Schaffen weit über die Notwendigkeiten liturgischer Gebrauchsmusik hinaus. In der lateinischen Solomotette „Exultate, jubilate“ vertonte Mozart während seiner dritten Italienreise 1773 den Text einer „marianischen Hymne“. Der zweite Satz erinnert entfernt an die später komponierte Arie des Blondchens „Durch Zärtlichkeit und Schmeicheln“ aus Mozarts „Entführung“. Im abschließenden Alleluja überschlägt sich die Solostimme vor Jubel in überschwänglichen Koloraturen, die wir ebenfalls eigentlich mehr aus der Oper kennen. Doch ist diese „Bravour-Arie“ so geschmackvoll gemacht, dass auch puritanische Gemüter keinen Einwand gegen die ihre „Weltlichkeit“ haben dürften.
Der Beiname zu Mozarts Messe in c-Moll KV 139, der sogenannten „Waisenhausmesse“, leitet sich davon ab, dass sie – aller Wahrscheinlichkeit nach – zur Einweihung der Waisenhauskirche am Rennweg in Wien komponiert wurde. Die Uraufführung am 7. Dezember 1768 dirigierte der 12-jährige Komponist selbst. Es ist aufgrund der Ausführlichkeit der Messtextvertonung Mozarts erste „Missa longa“. Damit zusammen hängt auch ihr festlicher, von Trompeten und Pauken bestimmter Charakter und eine Länge von fast 40 Minuten.